足总杯 冠军 1：2008-09年
　　一批在大埔区内踢足球的年轻人，包括陈旭智、吕志兴、史建威等，在足球场上认识了当时已经踏足地区事务，以及后来的大埔足球会筹办人之一的温官球[1]。这一批年轻人组成的球队，参与各项比赛而且成绩非常不俗，经温官球的介绍下认识了另一位大埔足球会筹办人陈平，而这一批年轻人后来亦成为了大埔足球会在丙组作赛的基本班底[2]。

　　2002-03年度，香港足球总会改革乙丙组赛事，吸纳地区球队并促使球员年轻化，藉以提升香港足球运动。大埔区议会应邀参加，并于2002年9月3日的区议会全体会议上，通过支持地区足球队参与香港足球总会新成立的香港丙组(地区)足球联赛，正式成立大埔足球會。大埔夺得2003-04年度丙组联赛总冠军，首次升上乙组作赛。

　　升班甲组

　　大埔足球會2005-06年度球季，以24战16胜6和2负成绩，获得乙组联赛亚军，获得升上甲组资格。大埔获和富社会企业为期3年的50万元冠名赞助，以“和富大埔”的名义参加甲组联赛，班费约为160万港元，罗致了来自流浪的赵俊杰、苏来强、晨曦门将李瀚灏、东方前锋安基斯、港会印度裔港将文迪和外援迪士尼等球员增强实力。

　　2006-07年度球季，大埔在升班首场比赛以0－1仅负流浪后，其后更分别以0－6及1－6败于联华红牛及杰志脚下。及后，经增援后首次在大埔运动场主场迎战班霸南华，仅在补时阶段失掉自由球以2－3落败，不过表现大获好评。其后，大埔表现亦渐入佳境，先大胜香港084－1，其后再在落后1－3的劣势下，以4－3反胜愉园，后来再以2－1击败榜首的杰志。虽然曾一度传出球会高层出现争拗以及球员的人事变动，但获传媒冠以“神奇球队”之名的和富大埔，最终以18战7胜3和8负得24分，排在联赛绩分榜的第七位，成功护级。

　　主教练陈晓明执教一季后，于2007年夏天离队转任“升班马”华家堡领队，大埔遂改聘前流浪教练巴贝利接任教练。

　　稳步上扬

　　2007-08年度球季，大埔班费为400万，领队陈志超表示增长主要用在球员的薪酬增幅。季初主教练巴贝利表示希望能为球会打好基础，长远发展为争标球队[3]，而该季则以联赛前5名为目标。球员方面，球会主要沿用原有班底，华人球员只有中坚简子洋及左后卫钟健强离队转投升班队伍华家堡。而外援方面，除了留用中坚祖尔、中场祖利亚及前锋安基斯外，亦于季初从流浪签入国援叶佳，其后进一步增援，签入巴西中锋拉菲尔。

　　球队在开季头5场取得为2胜1和2负的不俗成绩，然而会方与巴贝利在用人方针上有严重分歧，加上巴贝利的训练方式早已引起队中球员的不满，最终球会在双方同意下与巴贝利解约，由陈浩然暂代主教练一职[4]。

　　在2007年12月2日，对东方的联赛中，和富大埔在25分钟获判十二码，祖利亚在主射期间多次作出假动作，被球证鲍世贤判定为欠缺体育精神行为，入球作废并给予东方一记自由球，然而该判决明显违反球例。和富大埔赛后向足总作出书面抗议，并提出上诉并要求重赛，最终为足总以球证未有根据球例所指定的方式去处理事件及参考国际足协于2006年世界杯外围赛（2005年9月3日）“乌兹别克 对 巴林”的处理方式，而判处比赛需要重赛[5]。重赛中，大埔以3－1击败东方。

　　2007-08年度球季，和富大埔最终以18战7胜6和5负得27分，成为香港甲组足球联赛季军。

　　球队除在季末先在联赛以2－1击败争取提前夺冠的南华，及后在足总杯四强赛事以同样比数再一次击败南华，除了阻止对手争取成为三冠王外，亦使球队历史性首次打进本地顶级赛事杯赛的决赛。足总杯决赛于2008年5月18日在香港大球场上演，和富大埔球员祖尔、李威廉、赵俊杰及祖利亚多次攻门均无功而还，其中最具威胁的是在60分钟时，后备入替的叶佳接应苏来强斜传作第一时间近门抽射，惜误省中安基斯弹出。全场和富大埔以0－2败给公民，只能屈居亚军。当日入场人数为5,925，为2007-08球季本地足球比赛最多人入场的一次[6][7]。

　　首夺冠军

　　2008-09年度球队，获得新界地产商会及和富社会企业联合冠名赞助，几经争取后才获足总通过以[新界地产和富大埔名字参赛。由球初开始一直位居前列，虽然季中先后有李康廉与祖尔两名主力离队他投，以及赵俊杰、陈衍光、冯振霆等球员长期受伤，至最终只能以24战得41分，获得联赛第六名。不过，大埔却连续两年成功杀入足总杯决赛，并以4－2击败另一支地区球队天水围飞马，夺得球队升上甲组以来的首项锦标，取得下一年度代表香港出战亚洲足协杯资格，冲出香港。同时，本年度大埔有数名年青球员成功争取到上阵时间，包括冼诚俊、张志勇、王得豪、李树燊、李树烊及毛梦索，吸收甲组比赛经验。

　　进军亚协

　　大埔季前组军策略亦针对亚洲足协杯而作出准备，除了季末已经宣布离队的外援祖利亚，从四海借用的中锋卡立亦离队而去。华人球员方面，有冯振霆转投愉园，李树烊转投“升班马”大中。从结盟球队番禺明珠俱乐部引进了国援中锋陈立明、中场荆藤及车润秋，并从四海罗致家住大埔的前锋杜瀚滔。开季后再从大中签入外援中坚拿美，以及胜任多个防守位置的国援杨旭。

　　于对杰志赛半场休息时，球队宣布邀得李煌添入阁担任领队，未来三季将每季注资可观的赞助费，令球队的财政问题得到解决。

　　大埔在2010年度亚洲足协杯被编入 H 组，同组对手有泰港（泰国）、岘港（越南）和芽笼联（新加坡）。第一场亚洲足协杯在2010年2月24日作客新加坡对芽笼联，凭安基斯于比赛69分钟的开纪录入球以1－1赛和对手，成功在第一场赛事取得球史上的第一个亚协入球及分组赛的第一分。然而，由于大埔的主球场大埔运动场因为未能符合亚洲足协的要求，故球会在出战亚洲足协杯赛事时会使用将军澳运动场作主场。